藩学所没有直接管辖权，对御领内的民间学校寺子屋和私塾也没有直接管辖权。
另外，扶桑的“礼部”还包括天文方、书物奉行所及天文方下属的蕃书和解御用所。未来幕府开国后，又成了洋学所、开成所、语学所等学术机构。
扶桑的“户部”由勘定奉行和勘定吟味役为首的武士组成，人选一般从大身旗本中选拔。勘定奉行定员四人，两人为胜手方，两人为公事方，胜手方负责管辖财政与幕府直辖领地，统领御领的郡代、地方代官和藏奉行。
其中比较有趣的是公事方，公事方专门负责诉讼事务，这和御领的奉行所除了民政也管诉讼有关。
勘定吟味役定员四至六人，同样分胜手方和公事方，官员也是旗本出身，职责和勘定奉行一样，可以看作是勘定奉行的助手，但主要负责审计工作，归老中、若年寄直属。
有趣的是，扶桑因为分封制，导致民间户籍管理混乱，详尽的户籍管理反而要依靠寺庙，形成了“寺请制度”，也叫做“檀家寺请”，生老病死、婚丧嫁娶、旅行、搬迁都要寺庙开证明文书。至于其中是否有借助佛教来抑制起源于皇室的神教之意，这个就属于仁者见仁智者见智的事了。
扶桑的宗教势力强大，幕府对此专门设立了寺社奉行，管理御领的寺社，下属手留役、寺社役和检使，并且在御领各地的奉行所也设置了寺社奉行。
寺社奉行和勘定奉行、江户町奉行合称三奉行，在老中、若年寄属下的文官中居首， 其中寺社奉行从任过奏者番的谱代大名中选拔。
类似工部的幕府机构是由下三奉行领导的，下三奉行是作事奉行、普请奉行和小普请奉行，下面各有手下，作事奉行负责营造修缮等事务，普请奉行负责城池修筑与河道疏浚，小普请奉行负责将军家庙的宽永寺、增上寺修缮相关事务。
进行重大工程时，幕府通常下令由诸侯助工役，称之为“手伝普请”，这和幕府有事要求的出兵相助及参觐交代构成了诸侯对幕府的三大义务。
幕府是没有所谓的“刑部”的，民间的民事诉讼和刑事诉讼都由各地的奉行所直接审理，一般不接受上诉，重大案件交由评定所审理。
评定所负责幕府所属的旗本、御家人的诉讼，以及不同身份阶层之间的诉讼，例如江户町民、僧侣、武士之间的诉讼，是幕府的高级法务机构。
评定所直属于将军，一般主审官员由一名老中或若年寄，再加上一名寺社奉行、一名勘定奉行公事方、一名江户町奉行
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