领权利过大的问题，将各蒙古王公都按旗划分了固定的牧区，割断了各部之间的传统联系。
更重要的是，从前从属于一位首领的大部落，被划分为好几个旗，每个旗都有各自的札萨克（执政官），直接向清王朝负责。
在编旗的过程中，遵循如下原则:
1、原来的领主能否成为扎萨克，并不完全取决于其原来的成分，还要考虑其政治表现，如对清土朝的效忠程度、贡献大小；
2、编制户口时要重新考虑，使之大体均衡，以防有一些封建主实力太大；
3、编制牛录，基本是按照整齐划一的标准进行，使之更像军队，这样更加容易指挥；
4、登记户口，保证兵源；
5、牧地一经划定，不得私自更改或越界有亩，违者要受到处罚。
盟旗制度实施后，迅速有效的瓦解了蒙古大部落的固有势力，将历代都异常头痛的北方边患化解于无形。
以至于，连长城都失去了意义，康熙帝曾颇为自诩的说:“普秦土石之工，修筑长城；我朝恩施于喀尔喀，是指防备朔方，较长城更为坚固。”
简单点说，清政府的蒙古盟旗制度是另一套人群细分政策；将整个蒙古族部落打碎，分化在一个个稀碎的牧场藩篱之内，让这些奔驰的烈马，失去了纵情驰骋的辽阔草原。
另外，这个政策还有一个令人细思恐极的内核，制定这一政策的政治家，对于草原部族的性格特点掌握之透彻，实在令人发指。
要知道，草原部族之间自古以来就不太团结，各部落之间的掠夺和仇杀司空见惯，大部落正是用这种优胜劣汰的方式壮大自己，最终便会出现，成吉思汗这样的英雄人物和蒙古帝国这种庞然大物。
但你不能说，这是草原部族中人的性格上有什么缺陷，而是草原的自然环境造成了这种情况。
随时随地的游牧生活，让草原民族难以固化，各部落之间相距甚远，谈不到有什么亲情和睦。
而且，游牧的生活，抵御灾难的能力极为有限，一旦发生灾害，为了自己能够活下去，所有人都会拿起武器，去掠夺别的部落和国家。
既然这样，那就一种划分牧场的方式来固化民众，让牢牢依附某一特定区域，这样彪悍的草原部族便和农耕文明的汉人没什么区别了，失去了驰骋的草原，在烈性的骏马也得低头。
而除此之外，通婚、分化拉拢蒙古王公等等，就只是普通的政治手段，不过也正是在这些手段
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