在本愿寺的周围一连修筑了十多座支城，并在沿岸地区加修了碉堡，封锁水路。顷刻间，显如苦心经营的‘信长包围网’变为了‘信长的包围网’，把显如自己给兜了进去。而本愿寺的灭亡似乎也近在眼前，不可避免了。
但这时候，在遥远的西方，又一个反信长势力粉墨登场，从后台来到了前台。由由毛利辉元统领的毛利势，在将军的推动下，撕毁了和信长的盟约，加入了反对信长的行列中。当然，辉元也不是那种被人家一说就动的主儿。他和信长撕破脸的主要原因，还是因为他认识到了如果本愿寺被亡之后，那信长下一个要对付的就是自己的这个事实，所以他要全力支持本愿寺这个反对信长势力的重镇，以期拖住信长，为自己赢得时间。
当是时，信长家的水军将领九鬼嘉隆，已经截断了本愿寺军的海路并且封锁了海岸，为打通本愿寺的补给线，一直为辉元所引以为傲的毛利水军开始行动，为处于封锁内的石山输送补给物资，双方爆发了激烈的海战，最终毛利海军大败由九鬼所统领的织田水军，将重要的兵粮悉数送进了大坂，极大地提高了本愿寺方的士气和勇气。
这时候，显如通过联姻，又为自己在东面获得了一个强援，与武田信玄不分伯仲的上杉谦信。于是，本已岌岌可危的本愿寺再次起死回生，由被动转为主动。受此激励，反信长势力的活动再次达到了**，原先投降信长的势力纷纷反叛，投入了本愿寺、毛利的怀抱。
对信长来说，本愿寺真像一个多头怪物，每次砍掉他一个脑袋，他很快又在别处伸出一个来继续和你做对，简直成了打不死的九头蛇。但织田信长岂能善罢甘休，为了对付毛利方的精锐水师，织田军开发出了战国最初的铁甲战舰——大安宅船。这种以铁甲覆盖，不怕火箭和火枪攻击的巨舰的登场，宣告了毛利氏制水权的易手。在时隔两年后的第二次海上交手中，以六艘铁甲舰为核心的织田水军，重创了号称无敌的毛利水师，本愿寺与外界的水路联系，眼看又一次要切断了。
然而双方快要分出胜负的时候，一支神秘的舰队杀进了战团，这支舰队快速敏捷、火力凶猛，让曰本人见识到什么是真正的炮击。几次穿插，几次齐射，就让不可一世的铁甲舰燃起了熊熊大火。有这支舰队缠住了六艘铁甲舰，战局登时逆转，行将崩溃的毛利水军重新振作起来，对织田军的其余战舰展开了猛攻。
最终在不速之客的帮助下，毛利水师歼灭了织田水师的大部，又一次取得了胜利。
得知自己耗尽家底组建的无敌
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