允许其在燕京常住。
沙勿略精通汉语，对《四书》、《五经》等儒学经典的造诣，甚至超过了许多明朝官员，他也因此成为京城各种聚会的座上客，因此结识了很多高官名士，甚至于其中不少人相交莫逆。
博学多才、品质高贵、温和优雅的沙神父，用自己不懈的努力，改变着大明朝皇帝、官员、甚至百姓，对西洋人的看法，证明欧洲人不是野蛮人，而是有着同样高度发达文明的，只不过毛多了点而已……经过三年多的不懈努力，沙勿略终于实现了他的毕生夙愿，隆庆皇帝允许他在京城修建一座教堂，并传播自己的宗教。在朋友的帮助下，沙勿略在玄武门内买到一处地产，并重建为教堂。到了万历三年，教堂竣工，看着富丽堂皇的巴洛克风格建筑，沙勿略此生无憾，含笑长逝……遵照他的遗愿，沙神父的灵柩被安葬在教堂后的空地上，在管风琴的优雅乐声中，永远的陪伴着自己的孩子。
沙勿略虽然去世了，但他毕生的心血，已经结出累累硕果。在燕京十年间，经他洗礼入会的教徒，达到八千多人，其中不乏高官、名士……这还是沙勿略接受了沈默的劝告或者说警告，控制了入会人数。否则以他和他的，治病救人，布施贫苦，以及那套成熟的神论，在燕京城拉起个几万人的帮派，是绝对没有问题的。
沙勿略很清楚自己的使命，只是要让天主教在大明朝站稳脚跟，至于发扬光大的事情，那是该后辈来完成的。所以他很认同沈默给出的：‘控制数量，以质取胜；建立口碑，长远取胜’的方针。
而且他也意识到，仅靠学习汉话，熟读儒家经典，并不能真正赢得明朝人的尊重……士大夫们只会把他们当成是唐朝的各国遣唐使，慕名来学习中华文化的后进而已。要想赢得他们的尊重，还得拿出强过他们的东西，因为在接触中他发现，明朝的士大夫，对于未曾认识的东西，十分好奇，很尊重掌握这种知识的人，并且能够虚心学习。
这个年代的欧洲，有什么比大明强的呢，那就是科学……所以沙勿略把自己的居处，变成了传播科学文化的科技馆，并让耶稣会派来的传教士，向他们讲解天文、地理、数学、医学、音乐、美术等多方面知识。许多大明的官员和读书人都在他们这里，开启了对科学的兴趣，并兴致高昂的学习。大明的最高学府国子监，还聘请了这些传教士，教授在监生们实用的科学知识……这一切都使得天主教在大明拥有了良好的声誉，并且蒙上了几分神秘色彩。
沙勿略去世后，他的这一政策，得到了继任者罗明
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