和兵部双重领导，地方上不得干预。
都督府和七大军区由皇上直接管辖，都督人选调整，以及七大军区总兵的调整，唯有皇上能够做出决定，其余任何人不得擅自决定。
裁撤蓟辽总督、五省总督以及三遍总督等，其原来职能全部由七大军区承担。
府州县的变动不大，按照原来的规矩执行。
备受关注的内阁，在第二份圣旨之中产生了。
户部尚书徐望华、礼部尚书杨廷枢、刑部尚书周延儒、兵部尚书熊文灿、工部尚书甘学阔、左都御史文震亨、郑家军总兵郑锦宏等七人组成内阁。
徐望华出任内阁首辅，周延儒出任内阁次辅。
文坤出任吏部尚书。
梁兴力出任大理寺丞。
李岩出任陕西巡抚，杨一鹏出任山东巡抚，徐吉匡出任四川巡抚，林宗辉出任湖广巡抚，吴伟业出任应天巡抚，罗昌洛出任江西巡抚，赵单羽出任浙江巡抚，黄辉旭出任广东巡抚，李长顺出任广西巡抚，李攀龙出任贵州巡抚，史可法出任福建巡抚，马奎峰出任云南巡抚，顾梦麟出任顺天府尹。
洪欣涛出任第一军区总兵，洪欣贵出任第二军区总兵，杨贺出任第三军区总兵，刘泽清出任第四军区总兵，王允成出任第五军区总兵，郑凯涛出任第六军区总兵，第七军区总兵暂时空缺。
第二道圣旨引发的关注度同样巨大，其中还有一个最为关键的地方，那就是圣旨之中提到了草原部落与后金，将草原部落分为内蒙古和外蒙古，分别设立内蒙古巡抚和外蒙古巡抚，巡抚人选暂时空缺，内蒙古包括土默特部、吐鲁番部、鄂尔多斯部、察哈尔部以及科尔沁部等部落，外蒙古包括外喀尔喀七部、蒙兀儿和卫拉特等部落。
至于说后金，现如今的大清国，同样被圣旨包括之中，设立奴儿干省，巡抚暂时空缺。
同样暂时空缺的，还有乌斯藏省，巡抚暂时没有任命。
两道圣旨透露出来的信息量太大了，以至于朝中的议论持续了一个多月的时间。
最让众人兴奋的，还是皇上果断的将后金以及草原全部都纳入到大明王朝的范围之内了，这需要的不仅仅是霸气，更是实力，可以想象，一旦朝廷彻底稳定下来，郑家军将开始又一轮的远征，这次的远征，不仅仅是彻底剿灭八旗军，还要彻底征服草原部落。
朝廷部门的裁撤，也引发了很多的议论，至少众人明白了一点，延续多年的言官制度，这次是完全消失了，代之的是都察院对
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