取得完胜的郑锦宏接到了郑勋睿的命令，就地休整一个月的时间，浙江巡抚赵单羽也接到了郑勋睿的命令，配合郑锦宏疏散和安置好投降的军士，投降的军士人数超过了十万，这是一个庞大的群体，稍微处理不好就有可能惹下大麻烦，郑勋睿的意见，郑家军吸纳其中的两万到三万人左右，其余人还是按照处理流寇的方式进行，其中一些冥顽不化以及心术不正的兵油子，则押解到淮北去，参与大运河整治的劳作。
同时郑勋睿命令郑勋睿抽调一万郑家军将士，迅速返回南京。
在给郑锦宏和赵单羽下达命令之后，郑勋睿再次做出了一个令众人吃惊的决定，他宣布南京户部右侍郎罗昌洛出任江西巡抚，至于说朝廷任命的江西巡抚，请其回到京城去给皇上和朝廷复命，不管其怎么说，必须要离开江西。
同时郑勋睿命令国子监抽调两百多的培训人员，跟随罗昌洛上任，这些人将出任江西各地的知府、知州和知县等职务。
南京国子监已经培训了上千的读书人，这些人有从各地投奔来的官吏，特别是河南、山西、湖广、四川以及北直隶等地的地方官吏，其中北直隶、山西和与河南等地的大部分地方官吏，走投无路的情况之下，大部分都费尽千辛万苦，来到了南直隶，培训的学员之中，也有部分的进士和举人，而负责在国子监给读书人授课的是徐望华等人。
国子监的培训不仅仅是授课，还要带领培训人员到南直隶各地去参观查看，一方面了解南直隶地方官府如何的处理政务，另外一方面重点了解老百姓的生活，而最重要的还有一个方面。那就是看看各地是如何发展商贸的，如何发展地方经济的。
国子监的培训引发的震动是巨大的，可以说对不少读书人来说。这样的培训颠覆了以前很多的观点和看法，这里面肯定有人不服气。拿出来祖先的规矩进行辩解，更是有人将朱熹的观点搬出来，以存天理灭人欲的观点来反对大力发展商贸，要求遵守祖先制定下来的各项规矩，哪怕是放弃发展，甚至连国子监祭酒陈于泰也部分的支持这些观点。
郑勋睿亲自到国子监去授课，同时与诸多的读书人展开了辩论，他提出的一切从实际出发、实践是检验一切道理的观点。同时以南直隶等地发展的事实来说明问题，让绝大部分的读书人心服口服，大明的事实的确说明了这一点，为什么北方会大乱，为什么朝廷越来越羸弱，为什么推行新政的南直隶越来越富庶，老百姓的日子越来越好过，而且根本不存在什么刁民，地方上异常的平稳，这些事
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