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吴伟业出任应天府尹，原应天府尹林宗辉出任南京兵部左侍郎。
熊文灿出任户部左侍郎。
裁撤应天巡抚、凤阳巡抚、登莱巡抚等职务，浙江、山东、湖广、四川、陕西等地，设置一个巡抚，以巡抚为最高长官，统领全省民生事物，巡抚归南京六部统一管辖，代表南京六部管辖本地的各级官吏，四品以下官吏可酌情调整，报备南京六部，四品以上官员需呈报南京六部批准，方可调整。
各地设置的洪门钱庄以及洪门等机构，全部由南京六部统一管辖，为直属机构，地方不得干预其正常业务，地方官府对洪门钱庄以及洪门有监督和弹劾之权力，且可以提出来处理之建议，南京六部在安排洪门以及钱庄诸多事情之时，需要征求各地巡抚、总督和府尹之意见，需要考lǜ和尊重地方官员之想法。
南直隶各府州县事物，由南京兵部代为管辖，依旧按照原来的区域划分，漕运总督代表南京六部负责四府三州诸多事物，应天府代表南京六部负责其他地方事物。
地方官府依旧按照原来之设置，不做大的变动，各府州县包括巡抚衙门，须单独设立商贸房，或者商贸司，专管商贸赋税事宜，独立于原来的六房之外，商贸房（司）的设立，以州县为主，加强人员之配置，巡抚衙门和府衙，重点进行商贸赋税征收之指导。
各地商贸房（司）之最高负责人，原则上由同知、知州和县丞兼任。
都察院在南直隶、浙江、山东、陕西、湖广和四川等地的所有府衙，派遣监督人员，代表都察院监督各级官吏，官吏凡是有贪污贿赂、欺压百姓、胡乱作为之行为，都察院派驻人员可随时搜集证据，且上报都察院进行惩处。
自崇祯十六年正月初一开始，南直隶、浙江、山东、陕西、湖广和四川等地，粮食赋税按照二十抽一的比例征收，具体征收办法另行下达细则，商贸赋税按照十五抽一的比例征收，具体征收办法另行下达细则，严格推行官绅一体纳粮之政策，上至王爷，下至寻常百姓，严格按照土地多少征收农业赋税。
废除徭役，改为官府以钱粮招募的形式进行，各地不得强行以官府名义征召百姓做事，凡属于农田水利改造、运河疏通等工程，一律由官府拿钱雇佣劳力进行。
南直隶、浙江、山东、陕西、湖广和四川等地各级官吏，全部实施新的俸禄政策，各地略有区别，但总体的俸禄差距不应高于百分之二十，允许各地发放一定数量的福利，但需要呈报南京六部批准。
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