朝廷关于设立五省总督的事情，正式提上了议事日程，在陕西和山西遭遇到打击的流寇，开始分散活动，一部分留在了山西，一部分进入陕西汉中府，一部分进入河南，一部分进入湖广，一部分进入了四川，流寇充分利用了各省巡抚之间的事权不统一的弊病，游走于各省之间，而各地的巡抚，也是将流寇赶出自己的辖区，至于说其他地方的事情，他们不会过问，也不会干涉，这就导致流寇的队伍不断的壮大，总人数已经超过二十万人，各地深受其害。
徐光启早就建议设立五省总督一职，只是皇上在人选方面有些犹豫，故而迟迟没有下定决心，不过如今的形势，逼迫朝廷必须要设立五省总督一职，协调各地的力量，共同来剿灭流寇了，要不然流寇的队伍还将继续发展壮大。
早朝之后，诸多的文武大臣纷纷举荐三边总督洪承畴出任五省总督，统领剿灭流寇的事宜，不过皇上没有同意，洪承畴熟悉陕西、宁夏、延绥一带的情况，正是因为洪承畴的努力，陕西和山西的流寇，遭遇到沉重的打击，若是调走了洪承畴，这些地方不能够稳定了，那就得不偿失了。
举荐人选这件事情，风险是非常大的，若是被举荐的人遭遇到败绩，那么举荐他的人，也会遭遇到弹劾和追究，洪承畴在山西等地剿灭流寇，取得了很不错的战绩，出任五省总督是没有任何问题的，也是很安全的，所以说满朝的文武大臣，不会举荐其他的人选，就连新上任的内阁首辅温体仁，举荐的也是洪承畴。
也就是在这个时候，病中的徐光启上书，举荐右佥都御史陈奇瑜。
皇上和徐光启早就商议过，事情到了眼前，皇上终于下定了决心，擢升陈奇瑜为兵部右侍郎、五省总督，圣旨之中，对于陈奇瑜的职责，也进行了明确，重点协调河南、湖广、山西以及四川等地剿灭流寇的事宜，至于说陕西、宁夏、延绥等地剿灭流寇的事宜，依旧是以三边总督洪承畴为主。
陈奇瑜顺利的出任五省总督，预示着朝廷加大了对流寇的围剿力度。
皇上和朝中绝大部分的文武大臣，此时的想法也出现了根本性的改变，以前他们认为流寇是因为生活所迫，聚众造反，朝廷无力救济灾民，故而对流寇有一定的愧疚心理，认为还是以招抚为主、以剿灭为辅，不过流寇的不断发展壮大，以及杀官吏、劫掠地方的行为，让朝廷没有了同情的心理，认为流寇已经成为心腹大患，必须要彻底剿灭，还地方上安宁。
出任五省总督，陈奇瑜没有来得及接受同僚的庆贺，随即赶赴河南省
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