病，非风非寒非暑非湿，乃天地间别有一种异气所感。”指出温疫的致病因子是“异气”，又称“疫气”、“疠气”“戾气”等，是对温疫病因的创见。
吴氏认为戾气是物质性的，可采用药物制服。虽然戾气“无形可求，无象可见，况无声复无臭，何能得睹得闻”，但它是客观存在的物质，又进一步指出“物之可以制气者药物也。”
戾气是通过口鼻侵犯体内的。认为“邪从口鼻而入”，又感染戾气的方式，“有天受，有传染，所感虽殊，其病则一”。
而人体感受戾气之后，是否致病则决定于戾气的量、毒力与人体的抵抗力。指出“其感之深者，中而即发，感之浅者，而不胜正，未能顿发”；“其年气来之厉，不论强弱，正气稍衰者，触之即病”；“本气充满，邪不易入，本气适逢亏欠，呼吸之间，外邪因而乘之”。
戾气引起的疫病，有大流行性与散发性的不同表现。而戾气致病又有地区性与时间性的不同情况。此外，由于戾气的种类不同，所引起的疾病也不同，侵犯的脏器部位也不一。认为“……为病种种，是知气之不一也”。并且还指出人类的疫病和禽兽的瘟疫是由不同的戾气所引起的。
吴又可在《温疫论》中，还创制了不少独特的、行之有效的治疫方剂。
宋翊就是想从吴又可的《瘟疫论》中，寻找可以防治巴中瘟疫的方法。
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