朝建立后，至今都没有得到台湾原住民的认同，在这些原住民的眼中，明郑王朝与荷兰殖民者并没有什么不同，都是外来的入侵者。甚至，从某种程度上来讲，这些原住民还要更加亲善荷兰殖民者，因为荷兰殖民者只是以通商的方式间接掠夺财富；而明郑王朝却是要占领土地，实施“兵农合一”政策，派遣明郑军队分赴各地屯垦，这确是大大侵害到了原住民的生存空间，也导致了原住民多次武装反抗。而大肚王国，因为毗邻的缘故，就是台湾原住民中，反抗最为激烈，也是原住民中最大的武装势力。
大肚王国，是由原住民中的巴布拉族，猫雾捒族，巴则海族和一部份洪雅族下的各个部落联合成立的“跨族群准王国”，各部落共主又被称为大肚王。起初，大肚王国成立的原因，是为了抵抗荷兰殖民者的入侵，但经历了武装反抗入侵两度失败，再加上殖民者并无大范围吞占土地，只是为了“通商”，故大肚王国不得不与荷兰殖民者订约表示服从，并数次派人南下参加年度“地方会议”。不过，这两次武装反抗，大肚王国也打出了自己的威风，这让荷兰殖民者不敢小觑他们，更不敢过分逼迫。也是因此，大肚王国实际上仍维持半独立状态，只让荷兰殖民者过领土，打通商路，而不准他们定居，更禁止荷兰传教士在其部落内传教。对此，荷兰殖民者也只是睁一只眼闭一只眼，并没过分相逼，这使得大肚王国对荷兰殖民者的情绪逐渐得以缓解，部分得到“好处”的部落，对荷兰殖民者的态度更变得友善起来。到了明郑时期，大肚王国由于领土被侵占，生存空间被压缩，再压缩，日益遭受到来自越发强盛的明郑王朝的强烈威胁，不得不奋起反抗，时常与明郑王朝发生武装冲突，双方互有胜败，大肚子王国自是不好过，损失颇为惨重，而明郑王朝同样先后折损了高凌和杨祖两位优秀的将领。这使得明郑王朝与大肚王国积怨越深，都恨不得将对方一举歼灭而后快。
此番，大肚王国卷土重来，于沙辘社汇聚了各个部落全部武装力量，大有破釜沉舟，不将明郑王朝赶出台湾誓不罢休的架势。郑经又如能够示弱，调集各方军马，包括内司镇，前镇，后镇，一镇，二镇，三镇，四镇，五镇，左、右武卫营，左、右虎卫营，骁骑镇，神器营，亲丁镇，共计五万大军，除了海军和一郡两县必要的驻守军队外，倾尽全力，气吞山河，与大将军刘国轩分兵两路，以雷霆万钧般的威势镇压大肚王国，不灭大肚子王国誓不还朝。
如此大好机会，郑克藏又岂能放过。郑克藏找到郑经，以“国家兴亡，匹夫有责”这个强
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