大学士的方法，来让一些大臣来帮助他处理政务，他当皇帝可不是为了大权独揽，把自己累的像驴一般，他还有许多事情要做，如果整日间全部都被埋在这些乱糟糟的奏章之中的话，就不是他的本意了。
另外他还要关注着各地的军事情况，军队在这个时候也需要不断的进行调整，原来的几个镇军，到现在随着大中朝掌控了越来越多的地盘之后，已经不太适应了。
每个镇军现在所辖的区域实在是太大，除了主帅军权太大之外，也有些顾忌不过来，所以肖天健变有心想要在分出几个镇军，像后世的几大军区那样，来负责各地的军事。
可是因为政务太忙，肖天健却无力抽出足够的时间来做这等事情，于是考虑再三之后，他决定成立一个内阁，设立内阁大臣，作为给他帮忙的手段。
大明的内阁大学士制度其实是有一定的可取之处的，说实在的，大明朝的皇帝勤政的根本没有几个，除了最初的朱元璋、朱棣和后来的崇祯之外，其余的皇帝基本上都不太过问政事，吃喝玩乐倒是都很在行，万历皇帝更是罢朝近三十年，几乎根本不理朝政，但是正因为内阁大学士撑着大明的门面，皇帝不管事但是政务却照常进行，也没有因为皇帝不理朝政而导致大明垮台。
所以某种程度上这种制度，还是有一定的好处，起码可以让皇帝抽出身，来做些其他事情，更何况他搞出这个内阁大臣的制度，也不是说就不理朝政了，重要的事情他还是会盯紧的，而且早朝也不会废掉，更多的实物性的事务，完全可以交给内阁大臣来处理，这样的话他便可以抽身出来。
于是肖天健便在七月间将卢象升从北京调回了南京，虽说大中朝定都北京的事情已经确定，但是肖天健也留出了两年的缓冲期，目前大中朝的政治中心还是在南京，而且北方在建奴山海关大败退回关外之后，再加上有罗立、李定国等大将驻守北方，短时间之内，不管是建奴还是蒙古人都不敢再轻易犯边，而且卢象升在这一年时间里，也将顺天府的事务处理的差不多了，留着他在北京也是浪费，故此肖天健干脆便将卢象升调回了南京城。
通过和诸臣商议之后，肖天健在大中朝组阁，建立起了一个内阁大臣制度，卢象升充任第一任内阁总理大臣，至于诸部的尚书，则全部入阁充作协理大臣，另外肖天健还令孙传庭也进入到了内阁之中，作为一个协理大臣，帮助卢象升来做事。
这些大臣们的行政能力都是相当强的，上面再加上有肖天健来掌舵，有卢象升这个公心甚重之人来主持
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