内政部尚书一职尚未决定，柳下惠为监察司郎中，前宋秘书省正字魏了翁为监察司员外郎；前宋秘书省校书郎宣缯为户籍司员外郎，王居安为治安司员外郎；宋慈为提刑司郎中，洪天锡为提醒司员外郎。户籍司郎中孙德胜，治安司郎中许贯忠职位不变。
科教部管理全国学校事务及科举考试，下设科学司，负责天文研究以及科学制造；文化司，管理人文地理，宗教、名人祠的修建与弘扬；教育司，管理各地太学及各地私学乃至科举，各地学校开办教学必须有文教司允许；卫生司，掌宫廷医药的储存，为皇室诊疗事务，并向全国传授医学教育及医药管理。
科教部尚书由在同耶律楚材的赌约中，面对庞大的公文事物，而认知到自己能力有限，从而卸任见习丞相之职的李白担任，科学司郎中，则由唐时著名的大科学家僧一行担任，南宋时著名的大数学家秦九韶担任科学司员外郎；值得一提的是，僧一行和秦九韶这两位顶级人物，都是由丞相耶律楚材千方百计请来的。秦九韶还好，但是僧一行，耶律楚材差不多跑断了腿，用尽了浑身解数。最后林凡在回到都城后，也第一时间亲自出面拜见。这才留下了这位早已遁入空门的奇才。
教育司方面，左丘明教育司郎中的职位不变，前宋旧臣江万里任教育司员外郎；文教司郎中王维职务不变，前宋礼部架阁吴必达为文教司员外郎；
卫生司方面，孟浩然卫生司郎中职务不变，戴煟、王执中、安道全三位宗师级名医担任卫生司员外郎。
财政部负责管理国库钱财，以及收入与调度，除含有的税务司、度支司以及钱庄以外，增设产业司，管理国有企业，并监管国中货物价格，在适当时候提出修整，确保物品价格在一定的阈值以内。
财政部尚书由刘晏担任，并监管钱庄的运营；马光祖担任税务司员外郎，辅佐蒋敬；杨辉担任度支司员外郎，辅佐萧嘉穗；贾似道为产业司郎中，真德秀为产业司员外郎。
军务部顾名思义，负责军队的一应后勤，其中包括原有的军纪司、甲坊司、火器司、军马司、武器司五司以外，另外附加兵役司，掌召募士兵并登记军籍；弓弩司，掌弓箭、弓弩的制造与改良。
军务部尚书暂定，曾从龙担任军纪司员外郎，辅佐裴宣；董槐为兵役司郎中，袁韶为兵役司员外郎；马和为弓弩司员外郎。
行政部掌国家政务，暂时只设了建设司与农业司，大师级建筑师彭大雅、李道传为员外郎，辅佐陶宗旺，杨国忠为农业司郎中，袁甫为农业司
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