总督和科恩上校占了上风，但在没有彻底掌控军营的情况下，他们的发动也比较仓促，也是因为这个原因，没能在半路上把董事会卫队留下来，而是被法尔克尼尔少校逃了回去。
等追击到董事会驻地时，法尔克尼尔少校撤回的人和这里的守卫已经合兵一处，着手准备驻守了。由于董事会这边占有地理优势，再加上合兵后其兵力也不比科恩上校少，科恩上校带人冲了一阵，非但没有突破对方的防御反而被打死打伤了好几人，无奈之下只能退了回去，用兵力封锁住驻地出口，下达向这里增兵的命令，同时追问军营那边的情况。
巴达维亚的内乱就在这种情况下突然爆发，城内响起的枪声和厮杀声吓坏了巴达维亚的居民，许多人甚至以为是大明舰队攻过来了，巴达维亚要失守了。
惊恐万分的人们争先恐后要逃跑，这更让巴达维亚的混乱加剧，而且军营那边传来的消息也让人担忧，因为总督府和董事会各自相反的命令，使得驻守军营的指挥官无所适从，根本不知听从谁的命令。短时间内，总督府那边也不能彻底掌控住军营，科恩上校只能通过自己的亲信部下勉强调动了一支部队，再加上他手中的力量，继续围攻董事会驻地。
而董事会驻地这边，虽然兵力不如对方，可在地理优势和建筑的掩护下，再加上驻地内部火器包括火药什么都不缺，一时间双方打得难解难分，科恩上校几次突击都没能冲破对方的防御，战况陷入了僵局。
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