对于南越莫朝与广越阮氏的矛盾，朱由校采取了默认的态度，一方面他让袁崇焕向莫敬宽贩卖火器，另一方面又让蒋德璟向阮福源出售战舰，在大发军火贸易的横财的同时也不断滋长双方的野心。
当莫敬宽第二次要求纳贡被拒后，失去耐心的他派阮启、阮名世屯兵河中，在明朝教官的指挥下偷袭顺化，然后继续往广南行进。阮福源原本躲在顺化附近的福安养老，一切政务先由总镇阮福溪裁决。面对突变他惊慌失措，在蒋德璟的“巧妙”帮助下从海上逃回岘港，立即重掌大权组织反击。
双方在这一狭长的地带投入了大量的战船、大象和火炮，莫敬宽的军队虽然人数占优，火器先进，但阮福源依据有利地形和补给上的优势多次化险为夷，混战四个多月仍难分胜负，最终以以广平的争江为界各自退兵据守。
在这场菜鸡互啄的战争中，袁崇焕、孙传庭、黄得功为首的陆军将领派出数百名教导员协助莫敬宽，而蒋德璟、沈寿峣等海军精英则站到阮福源这边，他们都以教官的身份经历了整个战争，对南越和广南的兵种、器械及战术摸的一清二楚，并趁机绘制了详细的军用地图，随时可以接管战场。闪舞
阮启、阮名世的军队刚刚退到争江以北，朱由校便命袁崇焕知会莫敬宽，要求借道出兵攻打广南，还没等他回应袁崇焕的大军便故意从清化附近渡过马江，吓得他差点从城墙上摔下来。当初明朝与南越以奉化设立边界后，又命莫敬宽将首府建在离边境只有五十余里的清化，如今明军虽说是南下征讨阮福源，可拿下清化也不过举手之劳。
当然南越现在是明朝的一块缓冲地带，双方又是宗藩关系，朱由校对它没有任何想法，此次从清化行军一是借机震慑莫敬宽，二是这里方便渡江。为了防止阮福源狗急跳墙从海上逃窜，他需要尽快推入广越的腹地，同时命蒋德璟等人封锁岘港、会安港等，切断阮福源与葡萄牙的联系。
由于南越境内河流众多，袁崇焕的军队行进缓慢，比预期延误至少二十天，这让兼任平南总指挥的朱由校大为恼火，拍着桌子对孙承宗吼道
“这就是太师给朕举荐的不世之材？他袁崇焕在广西经营多年，要钱给钱，要粮给粮，整天吹嘘自己组建了一支狼兵，如今面对如惊弓之鸟的广越军却不敢给予迎头痛击，朕看再多的狼崽子让只绵羊指挥还是一群羊！”
面对皇帝的斥责，孙承宗老脸发黑，恨不得找个地缝钻进去。闪舞他戎马一生，可谓桃李天下，要说让他最得意的首数朱由校
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