为了强加统治，大清就对题本制度进行了改革，自张廷玉把奏折制度化以后，稍微重要一点的事务，地方官员都先撰拟奏折，经过皇帝朱批，认可了，才写题本作正式报告，作为奏事的依据。但奏折中的朱批内容，不得写入题本，这样题本就成了官样文章，价值大大降低。
这样其实就等于变相的削掉了内阁票拟的权力，奏折不经内阁直达御前，皇帝批复之后才在内阁那边走一遍流程，内阁成了处理日常事务的衙门。
奏折代替了原来题本的作用，使它成为主要官方文书，这一制度坚持到清末。奏折刚产生时，有资格使用奏折的官员不太多，雍正践祚之后，内苦于宗室诸王的讪谤排挤，外困于满汉大臣的朋党倾轧，急于求言，故放宽了臣民专折具奏的范围和权限。
由于奏折所涉事情多系国家机密，所以奏折的保密性是非常突出的。不能保密，就不要上奏折，保密是书写奏折的前提条件。
正是因为保密为前提，官员们给皇帝上奏折也安心，不用担心被别人知道，然后被别人报复。
朱厚照看重的就是这一点，比如这一次的扬州案，如果有奏折的存在，那么朱厚照相信情况肯定不会崩坏到这个地步。其他的不说，这么多年了，扬州一个正直的官员都没摊上？当然不会，只是他们有心无力罢了！上的题本估计都没到御前，这个人就没了，皇帝看到的东西也是经过漂没的。
一旦有了奏折制度，那么内阁的权力将会得到很大的削弱，内阁权力的削弱代表着内阁首辅大学士权力的削弱。
虽然这看起来是一个衙门，或者是一个人几个人的权力削弱，但是朱厚照知道，这绝不是，一旦削弱了内阁的权力，那就代表着整个文官团体的削弱，代表着皇权统治的加强。大清被称为封建王朝的巅峰，并不是没有道理的，他的很多制度都是非常有利于王朝统治的。
由于奏折免去了中间环节的传递，又采用廷寄方法，不但能迅速递到皇帝手中，而且在皇帝朱批御旨后，又可直接发还上奏官员，马上付诸实行，从而大大提高了行政效率。
由于奏折都是秘密进行，于是在直省督抚与司道之间，地方与中央，内廷与外廷之间，除正常的领导与被领导等关系之外，又形成了一种相互制约的关系。
大臣相互告密，皇帝的耳目遍布京内外，谁也不知道谁向皇帝打了什么小报告，中央部院和地方上的公私事件和人际关系，无论巨细，皇帝都可以从奏折中直接了解到。皇帝于是借助奏折整饬吏治，
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