予陆军部“高级顾问”的虚职，“赋闲”于北平。
1913年，“二次革命”失败，商震因参与而获罪，被“京畿军政执法处”扣押，成了陆建章的阶下囚。这时的商震虽年仅25岁，却已经历过八个年头的风风雨雨，成熟干练，有勇有谋。并因此而引起执法官陆建章的注意。经冯玉祥等力保获得自由后，急于寻求出路的商震改投于陆建章麾下。
1915年商震任营长，随陆部赴陕西参与镇压“白朗起义”，后升任团长。陆部入陕，白朗被逐，陆建章取陕督自代。年末，国内纷纷举兵讨袁，胡景翼等酝酿起义。
1916年初举事成功，拥陈树藩为陕督，驱逐陆建章。商震时驻与山西一河之隔的绥德，因在陕难以立足，无奈之下，乃率本团大部人马，东渡黄河，投靠山西。
商震到山西时，正值袁世凯帝制而引起全国性的反袁风暴，阎锡山有望摆脱羁绊，重振旗鼓之际，因此，商震受到了欢迎和礼遇。原有一个团的建制原封未动，仍由商震任团长，另将杨爱源营补充了进去，以为充实，当然也有监视的成分。
商震亦不负阎锡山之厚望，出手不凡。事有凑巧，1917年的7月间，发生了轰动一时的张勋复辟事件。6月，袁世凯死后，阎锡山权衡利弊选择了拥护段祺瑞的立场。7月1日，复辟丑剧登台。
7月3日，段祺瑞在马厂誓师“讨逆”。7月5日，阎锡山即派商震率领所部由石家庄北上，参与“讨逆”军事。“讨逆”事关重大，商震部甫入晋军，就奉派出兵，明眼人一看就明白阎锡山意在考验，“是骡子是马，拉出去遛遛”。
商震无疑更清楚这一点，所以不敢有丝毫的含糊，接到命令便整装出发，一路北上。在各路大军的同力征讨下，张勋节节败退。7月8日，张勋所部大败于京城外围，张勋坚守城门不出。
7月12日，讨逆军下令总攻。商震被委为讨逆军西路第五纵队司令，奉命协作攻城。总攻发起后，各路军次第攻入城内，并乘胜肃清各据点。惟天安门等处尚有复辟军顽固抵抗，炮火甚烈。
商震赶到后，急调山炮实施攻击。在炽烈的炮火下，张勋残部不得不缴械投降，讨逆军取得最后的胜利。商震也因此给阎锡山交上了一份满意的答卷。
完成讨逆任务后，商震率部返省。8月，阎锡山收回旁落的军权之后，进行第一次扩军，将原有的第十二混成旅和由山西巡防营改编的警备队合并扩编为四个混成旅，每旅辖步兵两团，炮兵一营。商震以自己的实力
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