以智不再继续反清，晚年潜心着述，不过问政治，不冒着危险组织天地会，像黄宗羲他们那样专心着述，那么“明末清初三大思想家”，也许就会变成“四大思想家”了。
忠孝双全，矢志不渝，方以智可称是明末的完人。
其父方孔炤，官至三品，通医学、地理、军事，并且较早地接触西学，主张研习经世致用的知识，任湖广总督时，在剿匪中八战八捷，立下赫赫战功，张献忠诈降时，他竭力反对，8次上书，力陈招抚策略的错误，上司均未采纳，崇祯十二年，张献忠反叛时，杨嗣昌反借此劾方孔炤，以贻误军机之名，逮捕下狱，后经方以智以血书诉冤，才得以从轻处理，遣戍绍兴。
方家父子都是忠臣，能臣，可惜都没有被重用。
朱慈烺脑子里瞬间想到了很多，有点走神，竟然忘记让方以智平身了。
方以智一直保持不动。
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