该派自称出于清微天玉清元始天尊，故以清微为名。
又谓其教在元始天尊传法后衍而为真元、太华、关令、正一四派，至十传乃由祖舒元君会四派而为一，始立清微宗派。
下递传郭玉隆、傅央囗、姚庄、……朱洞元、李少微、南毕道、黄舜申。
（见《清微仙谱》、《清微斋法》）据此其创始人为祖舒（据《万世真仙体道通鉴续编》卷五《祖舒传》称其为唐人），此说是否可信，尚待研究。
从现存资料看，从祖舒到南毕道几代，事迹简略、传达室徒也少，那时是否形成有影响力的道派，实难断定。
至黄舜申时，清微派始显名于世。据陈采《清微仙谱》，黄舜申（1224—？
），名应炎。福建建宁人。幼颖悟，经史百家，靡不贯通。年十六，待父于广西幕府，遇官于广西的南毕道，授以清微雷法。
宋宝佑（亻字应为礻字旁）（1253—1258）中曾任检阅，以雷法名世。
宋理宗召见，赐号雷渊真人。至元丙戌（1286）应召赴阙，未几，乞请还山，制授雷渊广福普化真人。
他是清微派的著述大师，
“覃思著述，阐扬宗旨，而其书始大备”。现《道藏》所收清微派著作，大多出于黄舜申及其门人之手。
清微派主要修持清微雷法。与神霄派一样，主张将雷法与丹法相结合，而以内炼为主，符箓为辅。
《清微斋法》卷上：“盖行持以正心诚意为主。心不正，则不足以感物；意不诚，则不足通神。神运于此，物应于彼，故虽万里，可呼吸于咫尺之间。”又说：“将吏只在身中，神明不离方寸。”将吏、神明皆指施行雷法时所劾召的鬼神，意谓能劾召他们，全凭作法者有深厚的内炼工夫。
故该派著《清微内诀》，专言内丹修炼之道。《清微仙谱》谓黄舜申有弟子近百人。
《历世真仙体道通鉴续编?黄雷渊传》称：“其所度弟子，皆立石题名，立石之前者三十人，立石之后者五人而已”。
此五人分为两支向南、北传播：一支以福建建宁为中心，传行于南。此支由其弟子熊道辉（号真息）所传，始传安城彭汝励，彭传曾贵宽（号尘外），曾传浚仪赵宜真（号元阳），而入于明。
另一支以湖北武当山为中心，传行于北，由黄舜申传武当山张道贵、叶云莱、刘道明，再由此三人传张守清。
张守清弟子甚众，后形成与全真、正一相结合的清微支
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