末年著名的方腊起事，南宋的钟相杨幺起事，就普遍被认为和白莲教有关。
到了元末明初，白莲教的活动发展到了历史的一个顶峰时期。当时朝廷暴政肆虐，天灾不断，百姓陷入水深火热之中，各地白莲教徒纷纷趁机起义，在大江南北燃起了反抗蒙古暴政的烽火。
元顺帝至正十一年，白莲教首领刘福通、韩山童假借“石人一只眼，挑动黄河天下反”的谶言，自称明王出生，掀起了席卷全国的红巾大起义；白莲教徒彭盈玉在江淮一带焚香聚众，自称弥勒降世，举兵反元；徐寿辉、邹普胜建国称帝等等不胜枚举。甚至连大明朝开国太祖朱元璋据说都和白莲教分支明教有些不清不楚的关系。
后来朱元璋吞并了元末四霸其余三人，挥师北上将蒙古人赶出中原，建立大明朝，同时也认识到了白莲教可以动辄倾覆天下的可怕潜力，翻过手来立刻对白莲教实行了严厉的血腥镇压。
当时的白莲教在战争中也已经分化成大大小小的流派势力，川、鄂、赣、鲁等地多次发生白莲教徒武装暴动，有的还建号称帝，遭到朱元璋的铁腕打击之后绝大多数偃旗息鼓销声匿迹，但是仍有个别不消停的时不时出来折腾一下。
永乐十八年声势浩大的“佛母”唐赛儿起义，便是白莲教分支红缨会的杰作。只不过折腾得动静大，付出的代价也大。当时的明军兵强马壮，永乐帝又是明朝历史上少有的以武功著称的马上皇帝，在各路官兵精锐的围剿之下红缨会起事失败，数万门徒几乎被剿杀一空，但是唐赛儿却神秘的消失了。
唐赛儿起义后朝廷又掀起了新一轮的对白莲教的清剿**，个个宗门流派被追得上天无路下地无门，很多消亡，侥幸剩下的也忙不迭的改头换面自立门户，和白莲教分清界限。就这样苟延残喘了几十年，到明代正德、嘉靖年间又逐渐恢复元气，很多新兴教派如雨后春笋般出现，诸如金禅、龙华、弘阳、弥勒、净空、黄天、混源、闻香、罗道等数十种，还有一教数名的也有不少。
这些新兴教派各不相属，教义和先前的白莲教相比早就被改的面目全非，仪轨也颇多歧异，信奉的神极为繁杂，有天宫的玉皇、地狱的阎王、人间的圣贤、老一套的弥勒佛，甚至还有干脆自己发明创造出来的诸如真空古佛、无生老母、混元老祖等等。但是基本上都是换汤不换药，玩的还是从前那套把戏。
虽然这些新教的经营模式都是走的白莲教的老路，但是却还极力想和早已声名狼藉的白莲教撇清关系，比如号称民间宗教经卷开山祖师的罗教
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