、工程、辎重各兵种。以步队为主，炮队为辅，马队巡护，工程队供临时调遣。其中步队5000人，分左右两翼，设统领2人。左翼2营，右翼3营。翼下有营、队、哨、棚；步队每营1000人，设统带1员，帮统1员，下分4队；每队250人，4队共设领官4员，哨官12员，哨长24员，督排哨长4员。左翼由重炮队接应，右翼由快炮队接应。炮队1营共1000人，设统带1员，分右翼快炮队、左翼重炮队和接应马炮队3队。马队1营共500人，设统带1员，帮统1员，下分4队；工程队1营共500人，设管带1员，帮带1员，委员1员，下分桥梁、地垒、电雷、修械、测绘、电报6司队。
新建陆军的武器装备全部采用从德国购置的新式划一的曼利夏步枪、马枪、手枪和格鲁森速射炮；全军配备外国帆布制造的帐篷2400顶；每二营配备行军电台；每哨配备洋表、双筒望远镜和指南针；每位官长配备督队腰刀一把、手枪一柄；每名兵士配备洋制雨衣、雨帽和洋毯。新建陆军在军事组织机构方面，成立了新建陆军督练处，袁世凯自任督练官。下设参谋、执法、督操三个营务处，以及粮饷局、军械局、转运局、军医局、教习处（后改为洋务局）等，负责训练、运输、军械、辎重、军法和研究西方军事等，并制定了各种章程，使军队的组织、制度和规模逐渐完备。
新建陆军聘请了10多名德国军事教官，还有日本、美国军事教官。其中巴森斯负责全军训练，伯罗恩为德操教官，祁开芬为炮队教官，曼德（挪威人）为马队教官，慕兴礼、魏贝尔为德文教官。全军一律习洋操，按照德国陆军教条进行训练。由于新军训练仍以德国军事教官为主，袁世凯又在军营中设立德语学堂教授德语。此外，还在小站营盘设立速成武备军官学校，后改为讲武堂，聘请德国人汉纳根为教官；另设步兵、炮兵、工程兵等随营军事学堂及学兵营，教授兵法、枪炮、算学、测绘、地理、战阵攻守等，培养新的军事人才。
新建陆军的军官骨干主要来自三个方面：一是袁世凯个人的亲信，如参谋营务处总办徐世昌，是袁世凯年轻时在老家河南的故交，得袁世凯资助进京应试，连中举人、进士，授翰林院编修，袁世凯督练新军时其母病故，丁忧在籍，袁世凯奏请将他调来，赞划一切，成为袁世凯最得力的智囊和军师，人称“水晶狐狸”。二是有不少袁世凯在庆军驻朝鲜时的老部下。三是有是袁世凯为了消除清廷满族权贵的疑忌，特请陆军大臣荫昌推荐的军事骨干。荫昌推荐了武备学堂毕业生王士珍
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